Les avortements dus à des virus sont mal connus, mais il est fortement probable que les infections virales agissent fréquemment en prédisposant aux affections bactériennes ou en synergie avec elles.
L'herpès virus est certainement l'agent responsable de troubles de la reproduction le mieux connu en élevage canin, mais il est plus souvent responsable de mortalité néonatale que d'avortements.

Le virus de la maladie de Carré peut provoquer des avortements, mais la vaccination des reproducteurs a rendu très rare une telle manifestation clinique.
Il en va de même des adénovirus (hépatite de Rubarth).

Par contre, le parvovirus n'est pas responsable d'avortements directs chez la chienne, bien que des cas de chiennes cliniquement très atteintes et ayant secondairement avorté aient pu être signalées.